Изминали са няколко месеца, откакто Х-мен са победили Магнито и са го затворили в пластмасова камера. Един ден мутант, подвизаващ се с името Нощна сянка, се внедрява в Белия дом и прави опит да покуши президента. Междувременно Лоуган се опитва да разкрие миналото си и защо е станал мутант.
Но търканията между хората и мутантите стават все по-сериозни. Учен на име Уилям Страйкър получава задача да открие тайното училище на Професор Х и приспособлението му, наречено "Церебро". Междуременно партньорката на Магнито - Мистик, планира да спаси водача си от затвора.
Не след дълго училището на Професор Х бива нападнато от силите на Страйкър. Лоуган, Плевел и Ледения човек успяват да се спасят. Останалите от Х-мен се срещат в Бостън с Магнито, който е избягал от затвора. Сега те трябва да обединят сили, за да спасят Професор Х.
